คลอรีนช่วยออกซิเดชันของการเชื่อมโยงเปปไทด์เนื่องจากอิเล็กโทรเนกาติวิตีของมัน และด้วยเหตุนี้จึงทำให้เกิดปฏิกิริยาออกซิเดชันของลิพิดและโปรตีน และในที่สุดก็สร้างความเสียหายต่อเยื่อหุ้มเซลล์และผนังเซลล์ของจุลินทรีย์ (McDonnell and Russell 1999 ) ยิ่งไปกว่านั้น กรดไฮโปคลอรัสเป็นสารประกอบที่ออกฤทธิ์มากที่สุด และซึมผ่านชั้นเซลล์แม้ที่ค่า pH 7 QACs น้ำยาฆ่าเชื้อ  ทำลายความสามารถในการซึมผ่านของเมมเบรนของจุลินทรีย์โดยการจับกับฟอสโฟลิปิดและโปรตีนของเมมเบรนอย่างถาวร (Gerba 2015 ) ค่า pH ที่เป็นด่าง (สูงกว่า 10.0) ส่งผลให้เกิดความไม่เป็นระเบียบของโครงสร้าง peptidoglycan และนำไปสู่การไฮโดรไลซิสของจีโนมของไวรัส (Maris 1995). สารประกอบฟีนอลทำหน้าที่เฉพาะบนเยื่อหุ้มเซลล์และนำไปสู่การหยุดการทำงานของเอนไซม์ในเซลล์ภายในเซลล์โดยการสร้างสารเชิงซ้อนที่ไม่เสถียร