กลิ่นบางชนิดอาจออกฤทธิ์โดยตรงกับทางเดินประสาทที่ส่งสัญญาณประสาทสัมผัสไปยังสมองด้วย เรียกว่าวิถีไตรเจมินัล ซึ่งจะดึงสัญญาณประสาทสัมผัสทั้งหมดจากศีรษะของเราและนำผ่านเซลล์ประสาทไปยังสมองเพื่อประมวลผลเมื่อเส้นทางนี้ถูกกระตุ้นจะทำให้เกิดการอักเสบเนื่องจากตรวจพบภัยคุกคามที่ระบบภูมิคุ้มกันเท่านั้นที่สามารถแยกแยะได้ สิ่งนี้อาจทำให้เกิดอาการปวดหัวได้เช่นกัน กลิ่นของสารเคมี เช่น ฟอร์มาลดีไฮด์ ผลิตภัณฑ์ทำความสะอาดบางชนิด และควันบุหรี่ ล้วนส่งผลโดยตรงต่อวิถีไตรเจมินัล การแพ้ กลิ่น Osmophobia หมายถึงการแพ้กลิ่น แม้ว่าจะพบได้ยากในตัวเอง แต่ผู้ที่มีอาการปวดหัวเรื้อรังมักจะมีอาการกลัวการอยู่ร่วมกับผู้อื่นด้วย