การป้องกันการ ติดเชื้อ S. aureusโดยใช้วิธี "แยกตัว" ออกจากร่างกายได้รับความสนใจมากขึ้นเนื่องจากการแพร่กระจายของเชื้อดื้อยาปฏิชีวนะจำกัดทางเลือกในการรักษา กลยุทธ์การปลดปล่อยอาณานิคมบางอย่างยังเป็นที่ถกเถียงกันอยู่ เนื่องจากต้องใช้ยาปฏิชีวนะจำนวนมาก ทำให้เกิดความกังวลเกี่ยวกับความเสียหายต่อจุลินทรีย์และการพัฒนาของการดื้อยาปฏิชีวนะ จนถึงขณะนี้ ปรากฏว่ามีเพียง การล่าอาณานิคมของ S. aureus ในจมูกเท่านั้นที่ สามารถกำหนดเป้าหมายได้ด้วยยาปฏิชีวนะเฉพาะที่โดยไม่ทำอันตรายมากเกินไป แต่แบคทีเรียสามารถตั้งรกรากใหม่ได้อย่างรวดเร็วจากลำไส้ในจมูก โปร ไบโอติกส์ อาหารเสริมสำหรับย่อยอาหารที่ประกอบด้วยจุลินทรีย์ที่มีชีวิต อาจเป็นวิธีเสริมหรือทดแทนยาปฏิชีวนะ บาซิลลัสโปรไบโอติกมีแนวโน้มที่ดีเป็นพิเศษเพราะมันถูกบริหารให้ทางปากในรูปของสปอร์ที่สามารถอยู่รอดได้ผ่านกระเพาะอาหารและจากนั้นจะเติบโตชั่วคราวในลำไส้